عندما يتم ذكر القطاع الصحي، فإن أول ما يتبادر إلى الذهن هو صناعة الأدوية. تحتوي المياه العادمة الناتجة عن صناعة الأدوية عمومًا على مستويات عالية من الأدوية (المضادات الحيوية، وأدوية السرطان، والمستحضرات الهرمونية، وما إلى ذلك) ومواد ضارة أخرى (الزئبق، والمعادن الثقيلة، والمذيبات، والمواد المشعة، وما إلى ذلك).
في ومن أجل التخلص من هذه المواد الضارة، تزايدت الدراسات في الآونة الأخيرة ويتم تطبيق طرق شاملة مثل الأكسدة بالأشعة فوق البنفسجية، والأكسدة الكيميائية، والأكسدة الحفزية، وهي الطرق الأكثر كفاءة.
الخطرة وغير الخطرة قد تحدث النفايات في كل مرحلة من مراحل إنتاج المستحضرات الصيدلانية تقريبًا.
وهي تشكل أساس النفايات المتبقية من التخمير واستخلاص المنتجات الطبيعية. النفايات الأخرى من الصناعة هي بقايا التفاعل والمرشحات من عمليات التخليق الكيميائي. وبما أن هذه النفايات تحتوي على مذيبات، فيمكن تصنيفها على أنها نفايات خطرة. الممارسة العامة للنفايات الصلبة في صناعة الأدوية هي التخلص منها خارج الموقع أو حرقها.