Sağlık sektörü denilince akla ilk gelen ilaç sanayisi olmaktadır. İlaç sanayinin atık suları genellikle yüksek oranda ilaç (antibiyotik, kanser ilaçları, hormon preparatları vs.) ve diğer zararlı maddeler (civa, ağır metaller, çözücü maddeler, radyoaktif maddeler vs.) içerir.

Bu zararlı maddelerden kurtulmak için son zamanlarda yapılan çalışmalar giderek artmaktave en fazla verim alınan yöntemler olan UV-oksidasyonu, kimyasal oksidasyon, katalitik oksidasyon gibi kapsamlı yöntemler uygulanmaktadır.

Farmasötik üretimin hemen her aşamasında tehlikeli ve tehlikesiz nitelikteki atıklar oluşabilir.

Fermantasyon ve doğal ürün ekstraksiyonundan kaynaklanan kalıntı atıkların temelini oluşturur. Sektörden kaynaklanan diğer atıklar ise reaksiyon kalıntıları ve kimyasal sentez proseslerinden kaynaklanan filtratlardır. Bu atıklar solvent içerdiklerinden ötürü tehlikeli atık sınıfına girebilir. İlaç sanayiinde katı atıklar için genel uygulama saha dışında bertaraf veya yakma şeklindedir.